南沙区年平均气温23.4℃，最冷月平均气温11.2℃（2011年1月），最热月平均气温30.6℃（2020年7月），历年极端最高气温39.3℃（2023年7月15日），极端最低气温2.2℃（2016年1月24日）。雨量充沛，分布不均，降水相对集中在汛期。年平均降水1748.9毫米，其中4-9月降水量1388.8毫米，占全年降水量的79%。年平均相对湿度72%。年平均风速2.7米/秒，春夏季盛行东南偏南风，秋冬季盛行偏北风。年暴雨日数7.2天。夏秋季平均每年约有3-4个热带气旋影响我区。

　　南沙区地处低纬，濒临海洋，位于大陆气团和海洋气团的交界处，天气气候较为复杂，主要气象灾害包括热带气旋(台风)、暴雨、雷电、高温、低温阴雨、冰雹。